Emanuele Zinato si è laureato in lettere all'Università Ca' Foscari di Venezia. Ha conseguito nel 2000 il titolo di Dottore di Ricerca frequentando la Scuola di dottorato in Italianistica delle Università di Padova e Venezia Ca' Foscari. Nel 2001 ha vinto la borsa post-dottorato presso l'Università di Padova. Dal 2005 è ricercatore per il settore disciplinare L-Fil-Let/14 (Critica Letteraria e Letterature Comparate) e insegna Teoria della letteratura e Letterature comparate. Fa parte della redazione della rivista di teoria letteraria Allegoria e collabora a numerose riviste, tra cui Studi novecenteschi, Filologia antica e moderna, Filologia e critica, Moderna, L'Immaginazione, Chroniques Italiennes, Europe. Fa parte del Collegio docenti della Scuola di dottorato in Filologia moderna dell'Università di Padova. Ѐ membro della Giunta direttiva della Consulta di Critica Letteraria e Letterature Comparate ed è Socio dell'Associazione Sigismondo Malatesta.
Lavora su tre direzioni di ricerca: 1) Il rapporto tra letteratura e modernizzazione negli scrittori italiani del secondo Novecento (in particolare, Calvino, Fortini, Primo Levi, Sciascia, Volponi, Parise); 2) Le retoriche dei testi scientifici seicenteschi, europei e italiani; 3) Gli stili, le idee, le strategie discorsive della critica letteraria negli ultimi tre decenni del Novecento.
Ha studiato le carte di Paolo Volponi e la genesi delle opere, pubblicando presso Einaudi le opere complete di questo scrittore, corredandole di apparati critici e filologici. Ha inoltre avviato una ricerca su testi inediti e rari della scuola galileiana, confluita nei volumi Il vero in maschera (Liguori, 2003) e La scienza dissimulata nel Seicento (Liguori, 2005). Ha pubblicato Le idee e le forme. La critica letteraria italiana dal'900 a oggi (Carocci, 2010) e Automobili di carta. Spazi e oggetti automobilistici nelle rappresentazioni letterarie (Padova Univ. Press, 2012).